O segundo episódio de El Chapo começa mostrando os acontecimentos três anos depois que Joaquín conseguiu estabelecer com sucesso a parceria com o narcotraficante Pablo Escobar. Mesmo assim não consegue o posto de "patrão" que tanto almeja. Sempre em busca de crescimento, o Chapo quer firmar parceria com os irmãos Avendaño, patrões em Tijuana, para trazer e atravessar cocaína por seu território, diante da negativa dos dois, Chapo faz o de sempre: contraria a ordem e consegue um jeito de transportar cocaína pelo território dos irmãos.

Depois de conseguir trazer lucro à organização, Chapo confronta Miguel Ángel, seu chefe, e lhe presenteia com um carro. Miguel Ángel diz a Chapo que as coisas continuarão do jeito que são: Chapo não será um patrão.

O novo presidente do México decide mudar a ordem nas negociações com os narcos e começa construindo uma prisão de segurança máxima com a colaboração de seu general do exército, Miguél Angel é preso e decide colaborar na distribuição de seus antigos territórios para evitar que seja extraditado para os EUA. 

O general do exército chega à reunião convocada entre os patrões do narcotráfico mexicano e apresenta a divisão dos territórios, Chapo fica com o comando do território de Tecate e é nomeado finalmente patrão. 

Chapo é convidado para a festa de aniversário de um dos patrões narcos, organizado pelos irmãos Avendaño, mas ao invés de comparecer manda um de seus capangas para representá-lo. Güero, seu comparsa o ajuda em mais uma empreitada perigosa: tomar mais um pedaço dos negócios de Miguel Angel. Além de tomar conta de mais negócio de drogas, os dois colhem provas de todos que Miguel Angel já fez negócios (policiais, políticos, etc) com seu antigo advogado.

Lopez, o empregado de Chapo compra o presente para ir á festa de aniversário, mas acaba sendo morto por um dos irmãos Avendaño que se ofende pelo fato de o mesmo estar bêbado. Fato que desencadeia em Chapo o desejo de se vingar dos irmãos.

Por conta da morte do advogado de Miguél Angel, o general dá a ideia ao presidente do México para que se livrem de Chapo, mas uma manobra do secretário particular do general poupa sua vida.

Conrado Higuera Sol é o personagem que tem sua história contada em paralelo com a do narcotraficante, ele é o secretário do general, sua história é interessante pois desde cedo, assim como Chapo, Sol tem uma meta: ser o chefe de algo. Chapo está em ascensão no mundo dos narcos, Conrado só quer uma coisa: ser presidente do México.

Este episódio mostra o que podemos esperar do restante da série: uma guerra por poder sem fim, no âmbito dos narcos haverá sangue, mortes e brutalidade. No campo da política Conrado Sol nos deixa uma incógnita de como vai lidar com as peças deste xadrez. Agora é arriscar tudo nos próximos episódios.